Oligo Mac

Oligo Mac V7.56

软件大小:15.90MB
软件类型:国产软件
软件语言:简体
软件授权:免费软件
软件分类: 其它软件
支持系统:
  • Oligo Mac

Oligo Mac      Oligo Mac是款适合Mac电脑中使用的引物设计工具。Oligo Mac最新版预设了生物行业目前测绘完成的所有认证序列,同时还提供了一系列的功能项来完成对于各类数值的整体结合运算。Oligo Mac中用户还可分析显示在选中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解温度。

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软件简介

      Oligo官方版是一款专业的引物设计软件,通过这款软件用户可以轻松设计和分析序列和PCR引物,合成基因和各种探针以及小分子干扰核苷酸和分子信标等,软件拥有基于最近邻热力学数据,低聚糖的搜索算法,可以精准分析TM和内部稳定性,绘制溶解温度图和稳定性图并可以帮助用户轻松找到最佳的引物PCR,包括TaqMan、高度多路复用,共识或简并引物登封,还支持显示正向引物、反向引物和当前的OLIGO里潜在的连接物,甚至可显示潜在的二聚物,是一款很强大的引物设计软件,还支持多个文件的批处理,可以批量处理多个文件,对于生物学中的应用再适合不过了,可能很多朋友开始会觉得软件会比较难使用,其实一点不复杂,了解之后就可以上手使用了。

Oligo Mac

软件功能

      1、分析TM和内部稳定性,绘制溶解温度图和稳定性图

      2、给出寡核苷酸的重要相关信息

      3、显示正向引物、反向引物和当前的OLIGO里潜在的连接物,潜在的二聚物也可显示出来

      4、分析显示在选中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解温度

      5、精确地分析出生物信息软件中的错配位点

      6、正向引物和反向引物选中后,能自动产生PCR实验条件和PCR产物信息

使用方法

      1、打开oligo,分别单击File——New Sequence,在打开的窗口中输入DNA序列,然后单击序列上面的勾就OK了。

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      2、单击菜单栏的Search——for Primers & Probes...

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      3、分别单击 Parameters 和 Ranges 设计引物的参数和范围。接下来先单击 Parameters。只需修改引物长度和Tm值的范围即可,如下方第一张图。另外因为突变位点是确定的,所以要确定下游引物的位置,如下方第二张图所示,即固定了3'端的位置(这里笔者是将突变位点处的引物作为下游引物)

Oligo Mac
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      4、再单击Ranges,设计范围如下图。一般PCR产物长度250——500bp为宜。注:该突变位点在20258bp的位置。

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      5、单击Search,如下方第一张图。跳出搜索结果,如下方第二张图。

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      6、双击上方第二张图中搜索到的引物,跳出的窗口如下图,是该对引物的基本信息,包括上下游的位置,长度,Tm值,GC含量,分数等。

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      7、单击菜单栏Edit——Reverse Primer,打开下方第一张图的界面,将3’端第三或第四位的碱基改成错配(这里是将第四位的碱基G改为A,因为这样改可以取消下游引物的发夹结构),改好后如下方第二张图。并单击第二张图菜单栏下方的勾。

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